ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดศรีสะเกษ สังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ
ประกาศจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม 2543 โดยมีสำนักงานอยู่ในโรงเรียนโรงเรียนไกรภักดีวิทยาคม เป็นสำนักงานชั่วคราว มีนายวีรวัฒน์ มุ่งสุข รองผู้อำนวยการโรงเรียนโสตศึกษาจังหวัดสุรินทร์ ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าศูนย์ฯ
วันที่ 5 ตุลาคม 2543 ได้ย้ายสำนักงานมาที่อาคารสำนักงานลูกเสือชาวบ้าน (ภายในสำนักงานศึกษาธิการ จังหวัดศรีสะเกษ) มีสิบเอกสมหวัง พิลาทอง ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าศูนย์ฯ
วันที่ 6 กันยายน 2544 กรมสามัญศึกษามีคำสั่งแต่งตั้ง นางวัชรี ดอนหมื่นศรี ครูโรงเรียนอุบลปัญญานุกูล ปฏิบัติหน้าที่หัวหน้าศูนย์ฯ
วันที่ 1 เมษายน 2545 กรมสามัญศึกษามีคำสั่งแต่งตั้ง สิบเอกสมหวัง พิลาทอง ดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์ 1 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดศรีสะเกษ
วันที่ 3 กุมภาพันธ์ 2546 กรมสามัญศึกษามีคำสั่งย้ายนางวัชรี ดอนหมื่นศรี หัวหน้าศูนย์ 1 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดยโสธร มาดำรงตำแหน่งหัวหน้าศูนย์ 1 ศูนย์การศึกษาพิเศษ ประจำจังหวัดศรีสะเกษ
วันที่ 17 พฤศจิกายน พ.ศ. 2546 ได้ย้ายสำนักงานมาอยู่อาคารสามัญศึกษาโดยมีนางเกตอรอินท์ พิทักษ์โคชญากุล ตำแหน่งผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดศรีสะเกษตั้งแต่วันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2546 ถึงวันที่ 30 กันยายน พ.ศ. 2566
วันที่ 1 ตุลาคม 2566 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน ได้มีคำสั่งให้ นางราชมาลี ต้อนรับ ย้ายมาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดศรีสะเกษ จนถึงปัจจุบัน